Η αρχή λειτουργίας του αποστειρωτή επιτυγχάνεται κυρίως μέσω των βασικών αρχών της θερμοδυναμικής και της μικροβιολογίας. Ο αποστειρωτής σκοτώνει μικροοργανισμούς, ειδικά βακτήρια, ιούς και ζύμη, με θέρμανση. Η υψηλή θερμοκρασία μπορεί να καταστρέψει τη δομή των κυττάρων των μικροοργανισμών και να τους κάνει να χάσουν τη βιολογική τους δραστηριότητα. Τα αποστειρωμένα μπορούν συνήθως να ελέγχουν με ακρίβεια τη θερμοκρασία των επεξεργασμένων στοιχείων για να εξασφαλίσουν αποτελεσματική αποστείρωση, ελαχιστοποιώντας ταυτόχρονα τις δυσμενείς επιπτώσεις στην ποιότητα του προϊόντος.
